Hay una pequeña discrepancia entre Josefo y los Evangelios en cuanto a la muerte de Juan.

Según Josefo, Herodes ejecutó a Juan porque temía una insurrección por causa de la popularidad de Juan.

Según los Evangelios, Herodes ejecutó a Juan por enojo, porque Juan criticó su matrimonio a Herodias, la esposa de su hermano.

Estas descripciones de los motivos de Herodes no son una contradicción. Herodes probablemente tuvo los dos motivos al mismo tiempo.

La muerte de Juan funciona en los Evangelios como una anticipación de la muerte de Jesús, echando una sombra de peligro sobre el ministerio de Jesús.